Für die Fleischsauce Knoblauch und Zwiebeln abziehen, fein würfeln. Petersilien- und Basilikumblätter grob hacken. Öl in einer Pfanne erhitzen, Knoblauch und Zwiebeln in ca. 2 Minuten glasig andünsten. Hackfleisch und Chiliflocken dazugeben, Hackfleisch unter Rühren krümelig anbraten. Tomatenmark hinzufügen, kurz mitrösten. Passierte Tomaten dazugeben, Hitze reduzieren, Sauce etwa 15 Minuten köcheln lassen. Mit Salz und Pfeffer abschmecken. Kräuter unter die Sauce heben und beiseitestellen.

Inzwischen für die Tomatensauce Knoblauch und Zwiebeln ebenfalls abziehen und fein würfeln, Basilikum- und Oreganoblättchen fein hacken. Öl in einer Pfanne erhitzen, Knoblauch und Zwiebel darin in ca. 2 Minuten glasig anschwitzen. Tomaten, Kapern, Pinienkerne und Kräuter dazugeben und die Sauce ca. 5 Minuten unter Rühren köcheln lassen. Mit Salz und Pfeffer abschmecken und ebenfalls beiseitestellen.

Nudeln nach Packungsangabe in Salzwasser bissfest (al dente) kochen. Backofen auf 180° C Ober-/Unterhitze vorheizen. Nudeln abgießen und abtropfen lassen. Eine Hälfte der Nudeln mit der Fleischsauce, die andere mit der Tomatensauce füllen.

Gefüllte Muschelnudeln in eine große Auflaufform oder ein tiefes Backblech setzen. Grana Padano, Ziegenkäse und Mozzarella grob reiben, miteinander vermischen, die Nudeln damit bestreuen. Fond und Olivenöl angießen und die Nudeln im vorgeheizten Backofen ca. 20 Minuten überbacken.